Die Colon-Hydro-Therapie beruht auf der Vorstellung, dass während des Verdauungsvorgangs im Darm Abfallstoffe und Krusten entstehen, die nicht vollständig ausgeschieden werden können. Dadurch kommt es zu mechanischen Behinderungen der Darmperistaltik, zu Schädigungen der Darmflora und zu Entzündungen der Darmwand. Diese Veränderungen beeinträchtigen die Darmfunktion, so dass Nährstoffe schlechter oder gar nicht mehr aufgenommen werden.

Zusätzlich bilden sich im Darm Giftstoffe, die durch die Darmwand in das Blut gelangen. Diese „Selbstvergiftung“ kann den ganzen Organismus schädigen. Durch die Darmspülungen mit Wasser sollen die schädlichen Abfallprodukte („Schlacken“) entfernt und der Darm gereinigt werden. Die Reinigung des Darms regt die Darmfunktion an und entlastet darüber hinaus das Stoffwechsel- und Abwehrsystem des Körpers. Ziel der Therapie ist der Aufbau einer gesunden Bakterienbesiedlung des Darms.